El Servicio Departamental de Salud fue creado mediante Decreto Supremo Nº25233 del 27 de noviembre de 1998, con la siguiente disposición:

“El presente Decreto Supremo tiene por objeto establecer el modelo básico de organización, atribuciones y funcionamiento de los Servicios Departamentales de Salud, dentro de las previsiones del Decreto Supremo N 25060 y las disposiciones vigentes en la materia de salud. Los Servicios Departamentales de Salud, cuya sigla será SEDES, son órganos desconcentrados de las Prefecturas de Departamento. Tienen estructura propia e independencia de gestión administrativa, competencia de ámbito departamental y dependen linealmente del Prefecto y funcionalmente del Director de Desarrollo Social de la respectiva Prefectura de Departamento”

Dicha norma fue ratificado mediante la Ley Nº031 Ley Marco de Autonomías y Descentralización “Andrés Ibáñez” de 19 de julio de 2010, en su disposición transitoria décimo segunda, parágrafo II, numeral 3 que en su texto cita:

“Quedan vigentes, las disposiciones legales y normativas siguientes:…3) Decreto Supremo Nº25233 del 27 de noviembre de 1998 que crea el Servicio Departamental de Salud”

El SEDES desarrolla sus actividades en el marco del ordenamiento legal que rige el Sistema Nacional de Salud, así como en el marco de las Leyes 1178 de Administración y Control Gubernamentales, 1654 de Descentralización Administrativa, 1551 de Participación Popular, y sus respectivos reglamentos, Ley Orgánica de Municipalidades, y las normas de organización del Poder Ejecutivo.

La gestión de la salud se organiza en cuatro niveles:

• Primer nivel de Gestión.- Está a cargo de la Jefatura de Área (Ahora Distritos o municipios), encargada de coordinar y supervisar los servicios de salud que prestan los puestos y centros ubicados en dicha subdivisión del Distrito.
• Segundo Nivel de Gestión.- Corresponde al Distrito de salud.- El territorio del Distrito puede coincidir con parte de una Provincia, una o varias provincias, así como con una parte de un Municipio, uno o varios municipios. La gestión técnico-administrativa de los servicios de salud, está a cargo de la Dirección de Distrito, órgano desconcentrado del SEDES.
• Tercer Nivel de Gestión.- Corresponde a la Dirección Técnica del SEDES, dependiente de la Prefectura y se constituye en el nivel superior de gestión de salud en el departamento, sujeto a la normativa y rectoría del MSPS (ahora MS de Ministerio de Salud)
• Cuarto Nivel de Gestión.- Corresponde al MSPS (ahora Ministerio de Salud según el Art. 90 y 91 del Decreto Supremo Nº29894 de 2009, MS), la instancia rectora-normativa de la gestión de salud a nivel nacional. Los institutos nacionales, entidades de la seguridad social y otras instituciones sectoriales con funciones a nivel nacional, coordinan sus actividades y se someten a la supervisión directa del Ministerio.

De acuerdo a las normas Vigentes, el SEDES tiene independencia de gestión técnica y administrativa, y la tuición administrativa y financiera será ejercida mediante la Dirección Administrativa Financiera del Gobierno Autónomo Departamental de Chuquisaca. La Administración del SEDES se sujeta a los sistemas de la Ley 1178 y las normas básicas establecidas para cada uno de ellos, así como la normatividad sectorial establecida por el Ministerio de Salud y sus disposiciones reglamentarias.

El personal técnico, administrativo y operativo de la Dirección Técnica del SEDES, de los municipios, distritos y establecimientos públicos de salud en el Departamento será contratado en cumplimiento a la normativa establecida por el Sistema de Administración de Personal; es seleccionado, contratado, promovido y retirado por el Director Técnico del SEDES de acuerdo a la distribución de funciones entre la Dirección Técnica, los directorios de hospitales de tercer nivel, coordinadores de red y jefaturas de distritos o municipios, que en la materia define el Decreto Supremo Nº25233 y Ley Nº031, en base al programa de operaciones y presupuesto anuales y en sujeción a normas nacionales pertinentes.

Con el fin de incentivar la mejora de los indicadores de salud, el logro de metas y resultados de la gestión, el eficiente uso de los recursos públicos asignados a los diferentes programas y proyectos, así como mejorar la eficiencia, eficacia y equidad en la gestión institucional, El Decreto Supremo Nº25233 instituye los COMPROMISOS DE GESTION en calidad de requisito legal y operacional obligatorio de gestión. Ante ello, el SEDES, suscribe los compromisos de gestión con los municipios, coordinaciones de red y establecimientos de salud, con la misma finalidad del compromiso de gestión que el SEDES suscribe con el nivel nacional.