Las competencias conferidas al SEDES Chuquisaca, se encuentra establecidas en el Art. 81, parágrafo III, que en su texto dice “De acuerdo a la competencia concurrente del Numeral 2 del Parágrafo II del Artículo 299 de la Constitución Política del Estado se distribuyen las competencias de la siguiente manera:

• Ejerce la rectoría en salud en el departamento para el funcionamiento del Sistema Único de Salud, en el marco de las políticas nacionales.
• Proporciona la infraestructura sanitaria y el mantenimiento adecuado del tercer nivel.
• Provee a los establecimientos de salud del tercer nivel, servicios básicos, equipos, mobiliario, medicamentos, insumos y demás suministros, así como supervisar y controlar su uso.
• Coordina con los municipios y universidades públicas el uso exclusivo de los establecimientos del Sistema de Salud público para la formación adecuada de los recursos humanos, en el marco del respeto prioritario del derecho a las personas.
• Planifica la estructuración de redes de salud funcionales y de calidad, en coordinación con las entidades territoriales autónomas municipales e indígena originario campesinas en el marco de la Política Nacional de la Salud Familiar Comunitaria Intercultural.
• Establece mecanismos de cooperación y cofinanciamiento en, coordinación con los gobiernos municipales e indígena originario campesinos, para garantizar la provisión de todos los servicios de salud en el departamento.
• Acredita los servicios de salud dentro del departamento de acuerdo a la norma nacional.
• Ejecuta programas epidemiológicos en coordinación con el Ministerio de Salud.
• Elabora y ejecuta programas y proyectos departamentales de promoción de salud y prevención de enfermedades en el marco de la política de salud.
• Apoya y promueve la implementación de las instancias departamentales de participación y control social en salud y de análisis intersectorial.
• Fortalece el desarrollo de los recursos humanos necesarios para el Sistema Único de Salud en conformidad a la ley que lo regula.
• Cofinancia políticas, planes, programas y proyectos de salud en coordinación con el nivel central del Estado y las entidades territoriales autónomas en el departamento.
• Ejerce control en el funcionamiento y atención con calidad de todos los servicios públicos, privados, sin fines de lucro, seguridad social, y prácticas relacionadas con la salud con la aplicación de normas nacionales.
• Ejerce control en coordinación con los gobiernos autónomos municipales del expendio y uso de productos farmacéuticos, químicos o físicos relacionados con la salud.
• Ejecuta las acciones de vigilancia y control sanitario del personal y poblaciones de riesgo en los establecimientos públicos y de servicios, centros laborales, educativos, de diversión, de expendio de alimentos y otros con atención a grupos poblacionales, para garantizar la salud colectiva, en coordinación y concurrencia con los gobiernos municipales.